A gabonaőrlés folyamata és technológiája rengeteget fejlődött az évezredek során. Maga az út is hosszú volt, amely a vadon termő gabonafajták első őrléséhez vezetett, és a gabonanövények domesztikációjával folytatódott. Ez az utóbbi i.e. 9000 körül történt a Közel-Keleten, az ún. termékeny félhold területén, amelyet a civilizáció bölcsőjének is nevezünk. Az itt megszülető korai államalakulatok és kultúrák sikeres működésének a precízen megszervezett gabonatermesztés volt az alapja. A gabonafeldolgozás mértéke idővel meghaladta a kézi őrlés kereteit, ezért más technikát kellett kitalálni, majd alkalmazni. A nagyobb teljesítmény elérésére készültek el az első malmok, amelyek fokozatosan átvették és meghatározták az őrlési munkákat.
A korai malmok elterjedése, illetve a különböző típusok kialakulása az ókori Mediterráneumban zajlott. Az emberi és állati erővel, majd vízzel hajtott malmok nyomait az ókori Hellász és a Római Birodalom területén zajlott régészeti feltárások és leletek mutatják be (egyes feltételezések szerint már a rómaiak is készítettek és használtak hajómalmokat). A szélmalmok megjelenése a keresztes hadjáratokkal hozható összefüggésbe, eszerint csak a XI. században jelentek meg Nyugat-Európában. A hajómalmok nem sokkal ezután tűntek fel a folyókon, számuk gyorsan emelkedett a kontinens bizonyos területein.
A budai hajómalmok működésére egy 1292-es okmányban találunk bizonyítékot, amelyben Poson kanonok az óbudai káptalan nevében panaszkodik, hogy zavarják a halászatot és adót sem fizetnek. Ezért azt követeli, hogy a Duna Szentendrei- és a Csepel-sziget közötti szakaszán szerzett minden haszon – ideértve a halászatot, a révhasználatot és a hajómalmokat – az óbudai káptalant illesse. A hajómalmok elhelyezkedése és a belőlük származó haszon (pl. bérleti díj, helypénz) sokáig permanens probléma volt, amelyet időről időre tisztázni kellett. Óbuda esetében a Duna nemcsak a település keleti határát jelentette, hanem sokkal fontosabb, komplexebb szereppel bírt. Egyrészt biztosította a személy- és áruszállítást (a révkikötő a mai zsinagóga magasságában), amelynek nélkülözhetetlen és a korban leggyorsabb helyszíne is volt, másrészt folyamatosan élelmiszerrel látta el a helyi lakosságot az akkor még tiszta és halakban felettébb gazdag folyó.
A több elemből álló hajómalmok a folyók állandó sodrását használták fel a gabona megőrléséhez. Ez lehetett előny, de lehetett hátrány is, hiszen a folyók sodrása – annak erőssége, iránya – sokszor változott. Ezt a problémát úgy igyekeztek orvosolni, hogy a folyó más részére pozícionálták a malmot, új helyen kötötték ki. Az előre megszabott helyeket szigorúan csak engedéllyel lehetett elhagyni. Óbudán már 1699-ben feljegyeztek egy incidenst: a jómódú jobbágy, Madarassy Gergely tettleg bántalmazott egy budai molnárlegényt, mert a hajómalmát túl közel kötötte ki az övéhez a két város határánál. A XVIII. századig tilos volt a hajómalmokat horgonnyal kikötni, csak a folyómederbe vert cölöpökhöz lehetett rögzíteni a szerkezetet, az ún. karóhelyekre. Ezeket a nagy és vasalt facölöpöket – több néven ismerték: malomszeg, cejte, cetyla – bizonyos területeken kövekkel megrakott kasokkal helyettesítették, és azokhoz rögzítették a malmokat. Idővel gondot okozott a hajómalmok őrlési kapacitása. Egy erős sodrású helyen átlagosan napi 20 mérőnyi, gyenge sodrásnál 3 mérőnyi gabonát tudtak megőrölni. Ez a mennyiség a XIX. század második felében már nagyon alacsonynak számított a többi malomtípushoz képest – a bécsi és a pozsonyi mérő kb. 62 liter, a pesti 93 liter volt. A jégzajlás miatt a hajómalmok télen nem működtek, általában András napig, november 30-ig folyt rajtuk munka. Ezt követően védett helyeken kötötték ki a szerkezeteket. Óbudán ez az Óbudai-sziget nyugati felén lévő kis Duna-ág (később a Hajógyári-öböl) volt, amely Széchenyi István grófot a hajógyár megépítésére inspirálta.
Az emeletes felépítésű hajóban felvonók segítségével mozgatták a gabonát a különböző munkahelyszínek között (zsákos raktár, konkolyozó, szélkamra, őrlőhely, szitáló). Jellemzően a molnármester és családja is itt lakott. A malom másik eleme a kishajó (tombác, kisbontó, tárhajó), amely egy tető nélküli szerkezet volt, amit gerendákkal kapcsoltak össze a nagyhajóval. A két hajótest között működött az erős tengelyre (göröndő) rögzített malomkerék, valamint a szerkezet mozgását szabályozó „tiltó” is. Ez utóbbi egy széles deszkatábla volt, amely az átengedett víz mennyiségével szabta meg a kerék mozgásának gyorsaságát. A lapátkerekek átlagos szélessége 5-8 méter volt.
Működési elvét tekintve – szaknyelven – alulcsapó vízimalmok voltak. A partról a gabonát az ún. molnárcsónakon (csámesz) szállították a hajómalomba, ahol a molnármester irányítása alatt az inasok (molnárlegények) pakolták ki, és vitték a megfelelő helyre. Az inasidő három év volt, elvileg csak törvényes szülők gyermekei lehettek. Az időjárás és a Duna állandó mozgása alaposan igénybe vette a malmok szerkezeti integritását, ezért szinte állandó javításra és karbantartásra szorultak. A módosabb molnárok alkalmaztak egy állandó hajóácsot is, aki időben megjavította a sérüléseket.
1476-ban az óbudai káptalan fogalmazott meg dörgedelmes hangú levelet az uralkodó, Hunyadi Mátyás király felé, amelyben a halászóhelyeiken működő hajómalmok ellen tiltakozik. Ez a levél is illeszkedett abba a kánonba, amely a hajómalmokkal felmerülő legfőbb problémáról szól: akadályozzák a halászatot és a hajóforgalmat (a középkor során szinte kizárólag kereskedelmi célú hajókra kell gondolni, kisebb mértékben hadihajókra). A Dunán működő malmok működésének szabályozása szorosan összefüggött a település sajátos jogi és tulajdonosi státuszával, helyzetével. Óbuda a kora középkor óta ugyanis két, nagyjából jól elkülöníthető városrészre oszlott. A mai Fő tér és környéke volt az egyházi, káptalani városrész központja. Ettől délre, a mai zsinagóga előtti téren, ahol piac is volt, és a Lajos utca végén elterülő részen volt a világi városrész, ahol kereskedők és tehetősebb polgárok éltek. Ezt a jogi felállást tovább bonyolította, hogy I. (Anjou) Lajos és Mátyás király is felosztották a települést, anyjuknak (Piast Erzsébet és Szilágyi Erzsébet) juttatva részeket, így ők mint anyakirálynék birtokolták a település egyik felét, míg a másik rész az óbudai káptalané maradt. Ez a felosztás, illetve sok esetben az ebből adódó vita a Duna „használatának” jogára is kiterjedt. Ebbe a kategóriába tartoztak a hajómalmok, amelyek a település egyik legfontosabb bevételi forrását, a halászatot zavarták (a másik meghatározó jövedelem a szőlőtermesztésből és a borkereskedelemből származott). A török hódítás ezt a problémát ugyan megoldotta – Óbuda a budai vilajet és szandzsák része lett –, de Óbuda területe időszakosan hadszíntérré vált, amely kedvezőtlenül hatott a gazdaságra. A korszakból ránk maradt adólistán szereplő nevekből következtethetünk arra, hogy a malomipar nem tűnt el a hódoltság idején – a Molnár név erre utalhat –, és az sem kizárt, hogy hajómalmok is működtek az óbudai Duna-szakaszon, hiszen azt tudjuk, hogy Budánál üzemeltek.
Óbuda 1659-1766 között – mint a komáromi uradalom része – a Zichy család birtokában volt, akik nemcsak új telepesekkel népesítették be a területet, hanem gondos és előrelátó politikával fellendítették a gazdasági és kereskedelmi életet is. A szőlőtermesztést elősegítő intézkedéseik mellett más gazdasági területek is prosperáló pályára kerültek. Ilyen volt az uradalom gabonatermesztése és a szorosan hozzá kapcsolódó malomipar. A malomtartás és üzemeltetés monopol jellegű földesúri jog volt (ilyen volt pl. a mészárszéktartás és a serfőzés is). Ugyan Óbuda soha nem rendelkezett nagy területű gabonatermő-földekkel, azok jobb kihasználásával és új mezőgazdasági, földművelési technológiák bevezetésével hatékonyan tudták növelni a termésátlagot. A Zichyek földesurasága alatt főleg az ún. kétszerest (búza és rozs keverékét) termelték, valamint zabot és árpát. Ez azt jelentette, hogy a hajómalmok száma jelentősen megnőtt, gazdasági szerepük emelkedett. Egy 1763-ból származó metszeten, amelyet Johann Philipp Binder készített, jól látható az óbudai Zichy-kastélynál a Dunán horgonyzó hajómalom, amely a malmok meglétére és fontosságukra utal. 1749-ben megalakult az óbudai molnárok céhe, amely a pesti molnárcéhből vált ki, és saját céhszabályt alkotott. A kiválást azzal indokolták, hogy a dunai jégzajlás idején nem tudnak részt venni a céhgyűléseken, bár a valós ok sokkal inkább az önálló keretek között működő piaci profitszerzésben keresendő. Az 1752. évi adóösszeírás szerint Óbudán 9 molnármester dolgozott, de nem említik külön a hajómolnárokat. A XVIII. század második felétől vált általánossá, hogy az óbudai malmok – köztük a hajómalmok is – kapacitása jóval meghaladta a helyi, az uradalomban megtermelt gabonamennyiség feldolgozását, ezért távolabbi, malommal nem rendelkező földbirtokok számára is vállaltak bérőrlést.
1766-ban az óbudai uradalom malomjövedelme elérte 3290 forintot, ami jelentős összegnek volt mondható (külön itt sem ismert a hajómalmokra vonatkozó adat). A Zichyek alatt a hajómalom tulajdonosok kezdetben 5, majd később 10 forintot fizettek bérleti díjként.
1766-ban az óbudai uradalom visszakerült a Királyi Kincstár tulajdonába és kamarai koronauradalomként működött tovább. Ebben a korszakban, az 1700-as évek végétől, a gabonatermesztés egyre inkább visszaszorult a szőlőtermesztéssel szemben. Az óbudai hajómalmok száma az 1770-es évektől sokáig 20 alatt volt (1770 – 13 db; 1801 – 17 db; 1834 – 14 db), de 1851-ben már 48 működött belőlük. A hajómalmok Óbudától az egykori hajóhíd vonaláig szinte egybefüggő láncolatot alkottak. Átlagos számuk meghaladta a félszázat és akár hatos sorban is állhattak. Óbudán a hajómalmokban nemcsak a lakosság számára folyt őrlés, hanem a katonaság és a különböző vendéglők is igénybe vették munkájukat. A megnövekedett igényeket egyre kevésbé tudták kiszolgálni: a henger- és gőzmalmok teljesítményével nem tudtak versenyezni, ráadásul csak időszakosan működtek – télen leálltak – és a hajóforgalmat is rendkívüli módon zavarták.
A XIX. század végére lényegében megpecsételődött a hajómalmok sorsa. A Duna megnövekedett hajóforgalma és az új malmok megjelenése megkövetelte a régimódi, hangos és már gazdaságtalan malmok eltűnését. Az I. világháború kitörése előtt (1913) már csak egy óbudai hajómalom működött az Újpesti vasúti híd lábánál, a Római-parton, a Hableány Vendéglő mellett, amely a Schuszter molnár család tulajdonában volt. A II. világháborúban egy eltévedt bombatámadás, amely a közeli vasúti hídra és a Gázgyárra irányult volna, elpusztította az utolsó óbudai hajómalmot.
A magyarországi hajómalmok az 1950-es évek elejéig működtek, majd pár darab kivételével szétszerelték őket. Napjainkban Baján és Ráckevén állnak még példányai, amelyek múzeumként funkcionálnak.
