Középkori oklevelek, határjárások már említik Fehéregyházát, amely ezen leírások alapján az Óbuda melletti egyik szőlőhegyen állhatott, az „Esztergomi nagyút” (a mai Bécsi út) mellett. A XIII–XIV. században „banjai”, azaz bányai plébániának is nevezték. A szláv (vagy bolgár) eredetű „banja” szó fürdőt jelent, tehát elképzelhető, hogy meleg vizű források környezetében állhatott.
Mátyás király 1483-ban kérte IX. Sixtus pápa engedélyét, hogy a pálosokat letelepíthesse Fehéregyháza gondozására. A szerzetesek kolostort és templomot is építettek a helyszínen. Évszázadokkal később, az 1869-ben alapított Victoria-téglagyár agyagbányájában – a mai Eurocenter helyén – az agyag kitermelésekor egy középkori, csúcsíves templom és kolostor alapfalaira, vöröstéglás padlójára bukkantak. Az Archeológiai Bizottság által kiküldött Rómer Flóris feltárta a templom szentélyét és a hozzá tartozó kolostor részleteit. A romokat Rómer az egykori Fehéregyháza, illetve a mellé (vagy fölé) épült pálos templom és kolostor tűzvész pusztította maradványainak vélte (és utána még sokan mások is!). Jelentős falmaradványok, csontvázak, sőt vörös márvány sírkőtöredékek is előkerültek. Ezeket sajnos csak Rómer rajzaiból ismerjük, mivel mindent elszállítottak a Filatori-gát feltöltéséhez.
A XI. századtól már állhatott egy királyi szálláshely Óbudán, amely királyi, később királynéi központ volt, egészen 1526-ig.
Az első királyi kúria a mai Fő téren, az egykori – feltehetően Orseolo Péter alapította –, Szent Péterről elnevezett prépostsági templom közelében állhatott. Itt látta vendégül III. Béla király Barbarossa Frigyes német-római császárt, a keresztes hadak vezetőjét 1189-ben. Az új királyi várat valószínűleg II. András kezdte építeni – Óbuda délnyugati határán, a mai Kálvin-köz környékén. A kastély építését fia, IV. Béla folytatta és fejezte be, akinek már ez volt a királyi rezidenciája.
Óbuda királyi székhely maradt a XIII. század végéig. (A tatárjárás után kezdték el építeni a budai királyi várat.) A XIII. század első harmadában felépült óbudai királyi vár egy szabályos, négyzetes alaprajzú, síkföldi várkastély volt, amelynek bejárata a Dunától az „Esztergomi nagyút”-ig tartó főútvonal irányából nyílt. Kettős fallal körülvett, 15–16 méter széles árok határolta, amelyen híd vezetett keresztül. A híd végében egy előcsarnokszerűen kiképzett torony állt. Ennek földszintjéről díszkapu vezetett a keletre emelkedő várkápolnához. A lakóépületek U-alakban vették körül a belső, zárt udvart. A keleti és a nyugati oldalon támpillérek tagolták a falsíkokat. A védművekkel és épületekkel együtt a vár kb. 100 x 100 méter alapterületen helyezkedhetett el. A XIV. század első felében I. Károly Róbert ugyan Visegrádon rendezte be királyi székhelyét, de az óbudai vár továbbra is megmaradt királyi szálláshelynek.
Károly Róbert utóda, Nagy Lajos király 1343-ban özvegy édesanyjának, Piast Erzsébetnek adományozta a várat, amely ettől kezdve – jövedelmeivel együtt – a mindenkori magyar királynék tulajdona: „civitas reginalis” maradt a középkor végéig. A XX. század elején, a Kálvin-közi református templom parókiájának építésekor Kós Károly feltárta a királyi vár részleteit. Ekkor derült ki, hogy a templom tulajdonképpen a vár falainak egy részére épült. Később, az 1940-es évektől egészen az 1970-es évekig folytak feltárási munkák, amelyek során például egy padlófűtéssel ellátott fürdőkamra maradványaira is rábukkantak a régészek. A református templom gyülekezeti termének pincéjében található a várkápolna bejáratának és padlózatának egy részlete, melynek ünnepélyes felavatására (az Óbudai Lengyel Kisebbségi Önkormányzat segítségével) 2014 novemberében került sor. Nagy Lajos 1355-ben felosztotta a várost Erzsébet királyné és a káptalan között. Az anyakirályné Óbudán rendezte be özvegyi kúriáját. Átépíttette a királyi várat és a várkápolnát gótikus stílusban. Óbuda 1370-ből származó pecsétje ennek a XIV. századi várnak a képét őrizte meg számunkra. Fiával, Lajos királlyal együtt megalapította a romos Szent Péter templom mellett a Szűz Mária templomot, valamint a klarisszák kolostorát és templomát. (A Szűz Mária templom falainak egy részlete az Óbudai Múzeum állandó kiállításán, míg a klarissza kolostor feltárt romjai a Mókus utcai iskola udvarán láthatóak, s mindkettőről készült rekonstrukció is, szintén Buzás Gergely által.)
A gótikus egyházi épületekről csodálattal emlékeznek meg a korabeli leírások: pl. Petrus Ransanus itáliai püspök.
Erzsébet királyné erős, határozott személyiség volt. Férje, Károly Róbert király halála után nem vonult vissza – vagy kolostorba –, hanem fia, Nagy Lajos király mellett szinte társuralkodói szerepet töltött be. Az ifjú királynak szinte minden oklevelében szerepel a megjegyzés: „…a mi legkedvesebb édesanyánknak a szíves hozzájárulásával…”. Sokan nem nézték jó szemmel az anyakirályné tevékenységét a magyar külpolitika irányításában. Ezek közé tartozott IV. Károly német-római császár is, aki – egy lengyel krónikás beszámolója szerint – minősíthetetlen szavakkal nyilatkozott a királynéról. Lajos király szenvedélyes hangú levélben védte meg édesanyját 1361-ben: „Nem méltó a tiszteletre az, aki a tisztelet eredetére támad, uralkodásra sem méltó az, aki nem képes eszének parancsolni. Miért nevezed magad uralkodónak és császárnak (…), ha eszedet sem tudod kormányozni, s becsmérlő nyelvedet sem megfékezni? (…) Ha téged is erény hozott volna a világra, édesanyám őfelségét nem sértegetted volna ócsárló szavakkal, magadon kívül, borgőzös állapotban!” Lajos király még párviadalra is ki akarta hívni a császárt; alig tudták róla lebeszélni.
Óbudán, az Erzsébet királyné által alapított remekmívű klarissza kolostor mellett egy szerényebb kivitelű kolostor és templom is állott: a ferenceseké. A XIII. században alapították, s a rend szabályai szerint a város északnyugati szélén építették fel, egy római kori kaszárnya falainak felhasználásával. Az Óbudát királynéi és egyházi városrészre kettéosztó 1355-ös oklevél megemlíti, hogy a templom kapuja Fehéregyházára tekintett. Sajnos a kolostor maradványait az újkori építkezések alkalmával szinte teljesen elbontották, így csak a templom kisméretű romjai láthatóak a Vöröskereszt utcában.
A középkori épületek, intézmények között feltétlenül meg kell említenünk a főváros első egyetemét, amelyet Luxemburgi Zsigmond alapított, és a káptalani városrészben állt. Pontos helyét nem ismerjük. A négy fakultásos – teológia, jog, orvostudomány és bölcsészet – univerzitás alapítólevelét IX. Bonifác pápa adta ki 1395-ben. Sajnos az egyetem működése rövid életű volt; 1419 után már nem találunk rá adatot. Az emlékét őrző táblát az Óbudai Gimnázium falán olvashatjuk.
A klarissza kolostortól nem messze, a zsinagóga előtti téren volt egykor a királynéi város piactere, amely körül a város előkelőinek házai állottak. Közülük okleveles adatok alapján sokakat név szerint is ismerünk. (Pl.: Tötös, királynéi várnagy; Pucuri Klára, Erzsébet királyné udvarhölgye; Kapás Antal, Futhamoth Péter, Budai Ferenc deák). Az említett Ferenc deák a klarisszák szolgálatában állt, és az ő ajánlásukra kapott nemesi címet II. Ulászló királytól 1499-ben. Lakóháza – amely az egykori piactér északnyugati sarkánál áll – Óbuda egyetlen fennmaradt középkori eredetű épülete, amelyet az évszázadok során többször átépítettek. 1686 után itt épült fel az első óbudai sörgyár. Ma a Budapest Galéria működik az épületben.
Az oklevelek szerint a Fehéregyházi nagyút, illetve annak Dunához vezető folytatása vonalában, a róla elnevezett Szent Margit utcában emelkedett. Plébánia szerepét a török időkig megőrizte. Plébánosainak a budavári plébánosokkal megegyező jogaik voltak. Feltehetően a Margit templomban temették el az Óbudán 1502-ben elhunyt Antonio Bonfinit, Mátyás király itáliai születésű krónikaíróját. Emlékét idézi a Szent Péter Pál templom fala mellett elhelyezett emlékkő (Seres János alkotása), amelyen Bonfini saját sírverse olvasható.
Végezetül – az egykori fejedelmi, királyi, királynéi központ emlékének, épületeinek felidézése után álljon itt egy idézet Vas Istvántól, amely tulajdonképpen minden egykor volt s a ma is álló városra is vonatkozik:
„Kihagy a város kőszíve,
De meg nem áll soha.
S ha minden kövét lerontaná a Végzet valaha,
Az Időben épül újra fel, mert van hozzá joga!”
