1778-ban egy óbudai szőlősgazda vermet ásott a földbe, és közben régi falakra talált, ezekről Schönwiesner István egyetemi könyvtáros, nagyváradi kanonok (1738–1818) állapította meg, hogy a római kori Aquincum város maradványai lehetnek. Schönwiesner a katonavárosi nagyfürdő egy részletét tárta fel, és védőtetővel lefedve be is mutatta a látogatóknak.
Intézményem, a Budapesti Történeti Múzeum története Óbudával több szálon is szorosan összefügg, jobban, mint bármelyik más fővárosi kerülettel. Ennek egyik kapcsolódási pontja az 1894-ben egy kis épülettel elkezdődött Aquincumi Múzeum. Egy évszázaddal Schönwiesner után, 1880-tól Torma Károly, Hampel József és Gömöri Havas Sándor, majd Kuzsinszky Bálint (1864–1938) vette át az aquincumi ásatások vezetését. A történet azóta is töretlenül folytatódott, többek közt a két amfiteátrum, a cella trichora vagy a hajógyári sziget helytartói palotájának feltárásával, a Táborvárosi Múzeum, a Fürdőmúzeum, a Herkules villa megnyitásával, valamint az ásatási terület bővülésével, legújabban pedig az új iroda- és raktárépület, a restaurátorműhely és a volt ELMÜ-épület átalakításával, a festőházzal és a Pannonia Provincia Programmal.
A középkori Óbuda megismerése ugyancsak a XVIII. században kezdődött Fehéregyházának és Árpád sírjának keresésével, a régészeti kutatásoknak Érdy János, Rupp Jakab és Rómer Flóris voltak az úttörői. A XX. században az ásatásokat a Fővárosi Múzeum, majd jogutódja, a BTM Középkori Osztályának régészei végezték. A főbb épületek maradványai: a Szűz Mária prépostsági templom, a királyi, majd királynéi vár, a klarissza kolostor alapfalai ma már helyreállítva tanúskodnak az egykori középkori királynéi város jelentőségéről.
A Zichyek Óbudájának emléke a XVIII. századi kiscelli egykori trinitárius kolostor, amelyet II. József röviddel elkészülte után feloszlatott. A deszakralizált, a XIX. században katonai használatra átalakított épület az 1910-ben Max Schmidt/Schmidt Miksa bécsi bútorgyáros tulajdonába került, aki „kastélyát” 1935-ben végrendeletében a fővárosra hagyta. Az 1940-es évek óta a főváros múzeumának újkori osztályai működnek ebben az épületben. Az egykori templom egyedi hangulatú kiállítótérként (sőt egy osztrák múzeumvezető véleménye szerint Közép-Európa legszebb kiállítótereként) ad otthont kortárs és történeti tárlatoknak, koncerteknek.
Az épület mellett az egykori Schmidt-parkot a főváros és a III. kerület együttes erőfeszítésével lehetne rekonstruálni, s válhatna Óbuda kiemelt zöldterületévé.
Az óbudai plébániatemplom és a zsinagóga környékén, az egykori gótikus Tompa László-házban, amelyet a barokkban serfőző háznak alakítottak át, a Lajos utca 158. szám alatt immár a múzeum részeként működik a Budapest Galéria központja és kiállítóháza. Itt ugyancsak kortárs kiállítások kerülnek időről időre bemutatásra. A Galériához tartozik az óbudai Fő tér mellett, a Laktanya utcában egy helyreállított műemlékházban az egyik legjelentősebb életművel rendelkező kortárs szobrászművészünk, Varga Imre kiállítása.
A Budapesti Történeti Múzeum a jelenben és a jövőben is szeretne Óbuda-Békásmegyer élénk kulturális kínálatának része lenni, úgy a helyi lakosok, mint a hazai és külföldi idelátogatók számára régi épületekben, korszerű kiállítóterekben, ám mai nyelven szólva történelmünk tárgyi örökségéről és mai kortárs művészetünkről egyaránt.
