A kultuszt a római időszakban is homály vette körül. A csak nevében perzsa eredetű vallás előzmények nélkül és hirtelen bukkant fel Rómában és a Duna mentén, valamint a Rajna vidék katonai érdekeltségű területein. A mithraikus közösségek általában 20–50 fő körüli, egymással szoros kapcsolatban álló csoportot alkottak. A szentélyek méretéből nagyobb közösségekre nem lehet következtetni, mivel a kultuszesemények a falakon belül tartózkodó hívők jelenlétében történtek. A közösséghez tartozást nagy valószínűséggel titokban tartották. Ez lehet az oka annak, hogy a kultuszhelyek a városon belül, kerítés mögötti magánházak szomszédságában vagy városon kívüli birtokok kerítésfalain belül, elrejtve a kívülállók szeme elől helyezkedtek el.
A közösség tagjai, akik csak férfiak lehettek, beavatási szertartásokon estek át. Ennek részletei csak nagy vonalakban ismertek. A beavatás egymást követő hét fokozata, a legalacsonyabbtól a legmagasabbig: a holló, a nymphus (jegyes), a katona, az oroszlán, a perzsa, a heliodromus (napfutár) és az Atya. A vallás külsőségeiben uniformizált, tartalmában kanonizált volt, amit a templomok egységes kialakítása és a benne található szobrok, reliefek, freskók tudatos kompozíciói is mutatnak Rómától Germániáig, Britanniától Kis-Ázsiáig. A képek elmesélték a hívőknek Mithras sziklából való születését, életét, ugyanakkor a képek és ábrázolások jelképei is voltak a hatalmas kozmikus körforgásnak. Az ábrázolások a szertartásokon folyt cselekményekről adnak némi felvilágosítást, azonban a „Mithras-liturgia” szöveges részei nem maradtak ránk.
Míg a keresztény gyülekezetek összejöveteleinek színterei a városban a magánházak egyelőre meghatározhatatlan helyiségei lehettek, a Mithras-hívők közösségei számára jellegzetes kultuszhelyek, úgynevezett Mithras-szentélyek épültek. Ezek feltárt maradványai és a maradványok között előkerült kultusztárgyak, feliratos emlékek alapján tudjuk nyomon követni a vallás aquincumi kultuszát. A Mithras tiszteletéhez kapcsolódó kultuszesemények és a gyülekezet befogadására is alkalmas szentélyek a polgárváros feltárt területén, körzetek szerinti egyenletes elosztásban helyezkednek el. Az ásatások eddig négy Mithras-szentély maradványát hozták felszínre, azonban az előkerült feliratos és szobrászati emlékek alapján ennél több helyszínen is tisztelték az istenséget a városban és közvetlen környékén. Egy-egy szentély állt az északi és a déli városfal közelében, valamint egy a város keleti szegélyén, míg egy szentély a városközpontban került elő.
Néhány mithraeum feliratos emlékei megörökítették a szentélyalapító nevét is. Így az északi városfal közelében, egy mozaikkal díszített lakóház maradványainak társaságában álló épület több fogadalmi oltárkövének tanúsága szerint a mithraeum gazdája Caius Iulius Victorinus, az akkor már colonia rangú város önkormányzatának tanácstagja (decurio) volt. De Mithrasnak szentelt kultuszhely állt Marcus Antonius Victorinusnak, az aquincumi városi önkormányzat tagjának háza mellett is. Symphorus és Marcus dedikációja áll a déli városfal közelében feltárt mithraeum kultuszképén. A többször átépített szentély a mithraeumok jellegzetes téglalap alakú alaprajzát mutatja. Az előcsarnokból nyíló, fogadalmi tárgyakat is tartalmazó cella két hosszanti oldala mentén egy-egy megemelt pódium volt a szertartást figyelemmel kísérő hívők számára. A barlangszerűen kiképzett, befelé lejtő helyiséget a nyugati oldalon a kultuszkép és a szentélyberendezés számára kialakított szentélybelső zárta le. Ez rejtette egykor a misztériumok központi jelenetét, a bikaölést ábrázoló kultuszképet. A jelenetben Mithras a bikán térdelve annak nyakába tőrt döf. A küzdőket számos mellékalak veszi körül, kutya, skorpió, kígyó.
Az apró darabokra tört fragmentumokból összeállítható kultuszkép a szentély egyéb berendezésével együtt feltehetőleg a IV. század elején szándékos rongálásnak esett áldozatul.
A két vallási irányzat, a Mithras-hívők és a keresztények közösségei – annak ellenére, vagy éppen azért, mert mindkettő a kis közösségek tagjainak személyes vallásos élményt ígért s az isten előtti egyenlőséget – harcban álltak egymással a hívők megszerzéséért. A harc a keresztények javára dőlt el, ahogy az Jeromos írásából is kiderül, nem küzdelem nélkül: „Néhány évvel ezelőtt a ti rokonotok, … Gracchus, amikor a Város praefectusa tisztségét viselte, ugyebár átkutatta és felforgatta Mithras barlangját, és szétverte minden csodás erejűnek tartott kultuszképét, ahol a holló, nymphus, katona, oroszlán, perzsa, heliodromus és atya beavatást nyertek, és ezekkel ez előzetes biztosítékokkal elérte, hogy ő maga megkeresztelkedhessen.” (Levelek, 107., ford. László L.)
(A szerző régész, a BTM főigazgató-helyettese)